The 30s Health Diary 08 — Le Microbiote
Chapter 1: The Foundations
Episode 08 - Le secret de la longévité se cache-t-il dans notre tube digestif ?
Et si l’un des secrets pour vivre plus longtemps se trouvait… dans notre intestin ?
Pendant longtemps, la longévité a surtout été associée à la génétique, à l’alimentation, à l’activité physique ou encore au mode de vie.
Mais depuis quelques années, un nouvel acteur intrigue de plus en plus les chercheurs :
notre microbiote intestinal.
Notre tube digestif abrite des milliers de milliards de micro-organismes qui participent à la digestion, communiquent avec notre système immunitaire, produisent de nombreuses molécules et influencent le fonctionnement de notre barrière intestinale.
Et lorsque les scientifiques étudient les personnes qui vieillissent particulièrement bien parfois jusqu’à 100 ans et plus , ils découvrent quelque chose d’étonnant :
leur microbiote ne ressemble pas toujours à celui que l’on attendrait à leur âge.
Chez certains centenaires ou personnes âgées en excellente santé, il conserve des caractéristiques et des fonctions que l’on retrouve habituellement chez des individus beaucoup plus jeunes.
Alors faut-il y voir une simple conséquence d’un mode de vie favorable ?
Ou le microbiote pourrait-il réellement participer au vieillissement en bonne santé ?
Et surtout :
notre intestin pourrait-il être l’une des pièces manquantes du puzzle de la longévité ?
Le microbiote peut-il révéler notre âge ?
En partie, oui.
La composition de notre microbiote intestinal change au cours de la vie : le microbiote d’un enfant n’est pas celui d’un adulte, et celui d’une personne âgée peut également présenter des caractéristiques différentes.
Ces différences sont suffisamment importantes pour que des chercheurs aient développé des modèles capables d’estimer approximativement l’âge d’une personne à partir de son microbiote.
Dans une étude publiée en 2020, un modèle utilisant l’intelligence artificielle pour analyser les bactéries intestinales parvenait ainsi à prédire l’âge avec une erreur moyenne d’environ 5,9 ans sur des données indépendantes.
On pourrait presque parler d’« horloge microbienne ».
Mais attention : nous sommes encore loin d’un test médical permettant de déclarer que « votre intestin a 35 ans ».
Notre microbiote est influencé par énormément de facteurs : notre alimentation, nos médicaments, notre environnement, notre activité physique, notre état de santé, notre géographie ou encore notre mode de vie.
L’âge chronologique n’est donc qu’une partie de l’histoire.
Et c’est précisément là que les choses deviennent intéressantes.
Peut-on avoir 80 ans… et un microbiote plus « jeune » ?
C’est probablement l’une des observations les plus fascinantes réalisées dans ce domaine.
En 2017, des chercheurs ont étudié le microbiote de plus de 1 000 personnes en très bonne santé âgées de 3 ans à plus de 100 ans.
Le résultat était surprenant.
À partir d’environ 30 ans, la composition globale du microbiote variait relativement peu avec l’âge dans cette population très sélectionnée.
Plus étonnant encore : le microbiote des personnes âgées en excellente santé ressemblait, dans son ensemble, à celui de personnes plusieurs décennies plus jeunes.
Cela ne signifie évidemment pas que leur intestin était littéralement « jeune ».
Et surtout, cette étude était transversale : les chercheurs ont observé les participants à un instant donné. Ils ne peuvent donc pas déterminer si conserver ce microbiote a favorisé leur bonne santé… ou si leur bonne santé, leur alimentation et leur mode de vie ont permis de conserver ce microbiote.
Mais cela pose une question passionnante :
et si bien vieillir consistait en partie à préserver certaines fonctions de notre écosystème intestinal ?
Des travaux plus récents vont dans la même direction. Une étude publiée en 2024 chez 1 821 adultes âgés de 62 à 96 ans a identifié plusieurs espèces bactériennes et métabolites associés au degré de fragilité, renforçant l’idée que l’état du microbiote pourrait apporter des informations complémentaires sur la manière dont nous vieillissons, et pas seulement sur le nombre d’années vécues.
Les centenaires ont-ils un microbiote particulier ?
Ici encore, la réponse est fascinante.
Mais ce n’est pas aussi simple que de dire :
« Les centenaires ont plus de bonnes bactéries. »
Les scientifiques découvrent plutôt chez eux des configurations et des fonctions microbiennes particulières.
Une étude publiée dans Nature en 2021 a par exemple comparé des centenaires japonais à des personnes plus jeunes.
Les chercheurs ont observé chez les centenaires un enrichissement de certaines voies microbiennes capables de produire des acides biliaires secondaires inhabituels.
L’un d’entre eux, appelé isoalloLCA, présentait dans les expériences un puissant effet antimicrobien contre plusieurs bactéries pathogènes Gram positives.
Les auteurs ont émis l’hypothèse que ce type de métabolisme microbien pourrait contribuer au maintien de l’équilibre intestinal et à la résistance à certains pathogènes chez ces centenaires.
Encore une fois : cela ne prouve pas que ces bactéries ou ces molécules leur ont permis de devenir centenaires.
Mais cela nous rappelle une chose fondamentale :
lorsqu’on parle de microbiote, ce qui compte n’est pas uniquement quelles bactéries sont présentes, mais aussi ce qu’elles sont capables de produire.
Le cas extraordinaire de Maria Branyas Morera, décédée à 117 ans
C’est probablement l’exemple le plus spectaculaire.
Maria Branyas Morera est décédée en Espagne en août 2024 à 117 ans et 168 jours.
Avant sa mort, elle avait accepté que des chercheurs étudient en profondeur sa biologie.
Le résultat a donné lieu à une analyse multi-omique extrêmement complète : génome, épigénome, métabolisme, protéines, système immunitaire… mais également microbiote intestinal.
L'étude, publiée dans Cell Reports Medicine en 2025, décrit un contraste étonnant.
Maria présentait évidemment certains signes biologiques d'un âge extrêmement avancé.
Mais parallèlement, elle possédait plusieurs caractéristiques associées à une meilleure résilience : un profil inflammatoire relativement favorable, certaines particularités génétiques, un épigénome apparaissant plus jeune que son âge chronologique et ce que les auteurs décrivent comme un bactériome « rajeuni », avec des caractéristiques retrouvées chez des individus plus jeunes.
Son microbiote était notamment particulièrement riche en bactéries de la famille des Bifidobacteriaceae, dont les Bifidobacterium, des bactéries qui tendent généralement à devenir moins abondantes avec l'âge.
Autre détail qui a évidemment beaucoup fait parler :
Maria était connue pour consommer régulièrement du yaourt, certaines sources rapportant jusqu'à trois yaourts sans sucre par jour.
Alors, trois yaourts par jour permettraient-ils de vivre jusqu'à 117 ans ?
Non.
Et ce serait exactement le type de conclusion que cette étude ne permet pas de tirer.
Maria représentait un seul individu, avec une génétique, un métabolisme, une alimentation, un environnement et une histoire de vie uniques.
Son cas est extraordinaire pour générer des hypothèses.
Il n’est pas une recette de longévité.
Comment le microbiote pourrait-il influencer notre vieillissement ?
L’un des mécanismes les plus intéressants concerne les molécules produites par nos bactéries.
Lorsque certaines bactéries fermentent les fibres alimentaires qui arrivent dans le côlon, elles fabriquent notamment des acides gras à chaîne courte, dont le butyrate.
Ces métabolites participent au fonctionnement de la muqueuse intestinale, au métabolisme et aux échanges entre notre microbiote et notre système immunitaire.
Pourquoi cela devient-il particulièrement intéressant avec l’âge ?
Parce que le vieillissement s’accompagne souvent d’un phénomène appelé inflammaging.
Il s’agit d’un état d’inflammation chronique de faible intensité qui tend à augmenter avec l’âge et qui est étudié pour son implication dans de nombreuses maladies liées au vieillissement.
Or le microbiote intestinal, la barrière intestinale et le système immunitaire communiquent en permanence.
Lorsque cet écosystème est profondément perturbé, la fonction de la barrière intestinale et les interactions immunitaires peuvent également être modifiées.
C’est l’une des raisons pour lesquelles les chercheurs étudient aujourd’hui ce que certains appellent le « microb-aging » : la manière dont le microbiote évolue parallèlement au vieillissement, à la fragilité et à l’inflammation chronique.
Existe-t-il une « bactérie de la longévité » ?
Ce serait pratique.
Malheureusement, notre microbiote fonctionne rarement de manière aussi simple.
Prenons Akkermansia muciniphila, devenue l'une des bactéries stars de la recherche sur le microbiote.
On lit parfois qu'elle favoriserait la prise de poids.
Les données disponibles chez l'humain montrent plutôt qu'une faible abondance d'Akkermansia est souvent associée au surpoids, à l'obésité et à certains troubles métaboliques.
Une petite étude randomisée publiée dans Nature Medicine a même testé sa supplémentation chez des personnes en surpoids ou obèses présentant une insulinorésistance. Certaines améliorations métaboliques ont été observées, notamment avec la forme pasteurisée.
Mais cette étude était exploratoire et de petite taille.
Elle ne transforme pas Akkermansia en bactérie miracle.
La même prudence vaut pour les bifidobactéries, les lactobacilles et la plupart des micro-organismes vendus aujourd'hui comme la solution à notre santé intestinale.
Un microbiote sain n'est pas une collection de quelques bactéries à la mode.
C'est un écosystème.
Et dans un écosystème, comptent également les interactions entre espèces, leur abondance, leurs souches, leur localisation et surtout leurs fonctions.
Peut-on réellement agir sur son microbiote ?
Oui.
C'est probablement la bonne nouvelle.
Notre microbiote n'est pas figé.
Parmi tous les facteurs capables de le modifier, l'alimentation est l'un des plus étudiés.
1. Miser sur la diversité végétale
En 2018, l'American Gut Project a analysé les données de plus de 10 000 participants.
Parmi ses observations les plus médiatisées : les personnes consommant plus de 30 types de végétaux par semaine présentaient des différences microbiennes et métaboliques par rapport à celles consommant 10 végétaux différents ou moins ; les analyses du projet ont notamment associé une plus grande diversité végétale à une plus grande diversité microbienne.
Attention cependant :
30 n'est pas un nombre magique.
Passer de 29 à 30 végétaux ne déclenche pas soudainement un « mode longévité ».
Le véritable message est la diversité alimentaire.
Et végétal ne veut pas uniquement dire légumes.
Fruits, légumineuses, céréales complètes, noix, graines, herbes et épices permettent rapidement d'augmenter la variété.
2. S'inspirer du modèle méditerranéen
L'étude européenne NU-AGE a suivi 612 personnes âgées non fragiles ou pré-fragiles dans cinq pays européens pendant un an.
L'adhésion à une alimentation de type méditerranéen était associée à des modifications particulières du microbiote. Les microorganismes favorisés par cette alimentation étaient eux-mêmes associés à de meilleurs indicateurs de fragilité et de fonction cognitive, ainsi qu'à des niveaux plus faibles de certains marqueurs inflammatoires.
Cela ne prouve pas que le microbiote soit l'unique mécanisme expliquant les bénéfices de l'alimentation méditerranéenne.
Mais il pourrait être l'un des intermédiaires.
3. Les aliments fermentés : intéressants, mais pas magiques
Une petite étude randomisée réalisée à Stanford a comparé pendant plusieurs semaines une alimentation riche en fibres à une alimentation riche en aliments fermentés chez 36 adultes en bonne santé.
Dans le groupe consommant davantage d'aliments fermentés — notamment yaourts, kéfir et légumes fermentés — les chercheurs ont observé une augmentation progressive de la diversité du microbiote et une diminution de plusieurs marqueurs inflammatoires.
C'est prometteur.
Mais 36 personnes ne suffisent pas à transformer le kéfir en élixir de jouvence.
Alors, améliorer son microbiote permet-il de vivre plus longtemps ?
C'est LA question.
Et pour l'instant, la réponse scientifique est :
nous ne le savons pas.
Les études sur les centenaires montrent des associations passionnantes.
Les études nutritionnelles montrent que nous pouvons modifier le microbiote.
Certaines interventions améliorent des marqueurs métaboliques, inflammatoires ou intestinaux.
Mais cela ne signifie pas qu'elles augmentent la durée de vie humaine.
À ce jour, nous ne disposons pas de preuve permettant d'affirmer qu'un probiotique, un aliment, une transplantation de microbiote ou une stratégie nutritionnelle ciblant spécifiquement le microbiote puisse ajouter directement des années à notre vie.
C'est une différence essentielle entre lifespan et healthspan :
le lifespan correspond à la durée totale de vie ;
le healthspan correspond aux années vécues en relativement bonne santé.
Aujourd'hui, les données sont beaucoup plus solides lorsqu'on parle de santé métabolique, immunitaire ou digestive que lorsqu'on prétend prolonger la vie grâce au microbiote.
Comment prendre soin de son microbiote pour mieux vieillir ?
Plutôt que de rechercher « la bactérie de la longévité », la stratégie la plus rationnelle consiste aujourd'hui à préserver un écosystème intestinal capable de fonctionner correctement au fil des décennies.
Cela passe notamment par :
diversifier son alimentation végétale, plutôt que manger éternellement les mêmes trois légumes ;
consommer suffisamment de fibres, en augmentant progressivement lorsqu'elles sont bien tolérées ;
intégrer légumineuses, fruits, légumes, céréales complètes, graines et noix ;
consommer éventuellement des aliments fermentés, lorsqu'ils sont adaptés et bien tolérés ;
maintenir une activité physique régulière ;
préserver son sommeil et son rythme circadien ;
éviter l'usage inutile d'antibiotiques, tout en les utilisant évidemment lorsqu'ils sont médicalement nécessaires ;
et plus généralement, prendre soin de sa santé métabolique.
L'objectif n'est pas de fabriquer un microbiote « parfait ».
D'ailleurs, la science ne sait toujours pas définir un microbiote normal universel.
Deux personnes en excellente santé peuvent présenter des communautés microbiennes très différentes.
Bibliographie scientifique
Bian G. et al. (2017) — The Gut Microbiota of Healthy Aged Chinese Is Similar to That of the Healthy Young. mSphere.
Étude particulièrement importante pour ton article : plus de 1 000 personnes très saines âgées de 3 à plus de 100 ans. Les chercheurs constatent que le microbiote des personnes âgées en très bonne santé ressemble étonnamment à celui d’adultes beaucoup plus jeunes. Ils précisent cependant que l'étude est transversale et ne démontre donc pas que ce microbiote soit la cause de leur bonne santé ou de leur longévité. DOI : 10.1128/mSphere.00327-17.
Santos-Pujol E. et al. (2025) — The multiomics blueprint of the individual with the most extreme lifespan. Cell Reports Medicine.
C'est l'étude consacrée à Maria Branyas Morera, décédée à 117 ans et 168 jours. Les chercheurs ont analysé génome, épigénome, protéome, métabolome, système immunitaire et microbiome. Ils décrivent notamment un « rejuvenated bacteriome », une faible inflammation et un profil épigénétique plus jeune que son âge chronologique. Mais il s'agit d'un cas individuel : impossible d'extrapoler directement ses caractéristiques à toute la population. DOI : 10.1016/j.xcrm.2025.102368.
Sato Y. et al. (2021) — Novel bile acid biosynthetic pathways are enriched in the microbiome of centenarians. Nature.
Étude fascinante sur les centenaires japonais. Elle montre l'enrichissement de voies microbiennes produisant certains acides biliaires secondaires inhabituels, notamment l'isoalloLCA, qui a montré des propriétés antimicrobiennes dans les expériences réalisées par les chercheurs. Très utile pour expliquer que l'intérêt du microbiote ne réside pas seulement dans « quelles bactéries nous avons », mais dans ce qu'elles produisent. DOI : 10.1038/s41586-021-03832-5.
Galkin F. et al. (2020) — Human Gut Microbiome Aging Clock Based on Taxonomic Profiling and Deep Learning. iScience.
C'est l'une des références intéressantes pour ton passage sur le microbiote comme marqueur de l'âge. Les chercheurs ont développé une « horloge » utilisant le profil du microbiote pour estimer l'âge chronologique. Cela soutient l'idée qu'il existe une signature microbienne de l'âge, sans pour autant permettre aujourd'hui de donner médicalement un « âge intestinal » fiable à une personne. DOI : 10.1016/j.isci.2020.101199.
Pu Y. et al. (2024) — Gut microbial features and circulating metabolomic signatures of frailty in older adults. Nature Aging.
Étude multi-omique portant sur 1 821 adultes âgés de 62 à 96 ans. Les chercheurs ont identifié plusieurs espèces microbiennes et métabolites associés au degré de fragilité, ce qui est particulièrement intéressant pour distinguer âge chronologique et qualité du vieillissement. DOI : 10.1038/s43587-024-00678-0.
Ghosh T.S. et al. (2020) — Mediterranean diet intervention alters the gut microbiome in older people reducing frailty and improving health status. Gut.
Étude NU-AGE, réalisée chez 612 personnes âgées dans cinq pays européens pendant un an. Une meilleure adhésion au régime méditerranéen était associée à des modifications du microbiote liées à de meilleurs indicateurs de fragilité et de cognition et à des marqueurs inflammatoires plus faibles. Très bonne référence pour la partie « peut-on agir sur son microbiote ? ». DOI : 10.1136/gutjnl-2019-319654.
Wastyk H.C. et al. (2021) — Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell.
Essai randomisé prospectif de 17 semaines comparant alimentation riche en fibres et alimentation riche en aliments fermentés. Dans le groupe aliments fermentés, les chercheurs ont observé une augmentation progressive de la diversité du microbiote et une diminution de plusieurs marqueurs inflammatoires. Petit effectif toutefois : 18 participants par groupe. DOI : 10.1016/j.cell.2021.06.019.
McDonald D. et al. (2018) — American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems.
Grande étude participative internationale à l'origine notamment du fameux chiffre des « 30 végétaux différents par semaine ». Elle est intéressante pour ton encadré sur la diversité alimentaire. Il faut cependant présenter les 30 végétaux comme une observation issue de données populationnelles, pas comme un seuil biologique démontré. DOI : 10.1128/mSystems.00031-18.
Depommier C. et al. (2019) — Supplementation with Akkermansia muciniphila in overweight and obese human volunteers: a proof-of-concept exploratory study. Nature Medicine.
Essai randomisé en double aveugle chez des personnes en surpoids ou obèses insulinorésistantes. Il constitue une référence importante pour corriger l'affirmation selon laquelle Akkermansia serait responsable du surpoids : chez l'humain, son abondance est plutôt inversement corrélée à plusieurs troubles métaboliques. L'étude reste petite : 40 participants inclus, 32 ayant terminé l'intervention. DOI : 10.1038/s41591-019-0495-2.
Gut microb-aging and its relevance to frailty aging (2024) — Microbes and Infection.
Revue particulièrement utile pour comprendre le cadre conceptuel microbiote → barrière intestinale → système immunitaire → inflammaging → fragilité. Elle insiste aussi sur la résilience de l'écosystème, ses fonctions métaboliques et la relation bidirectionnelle entre « microb-aging » et inflammaging. DOI : 10.1016/j.micinf.2024.105309.
À retenir
The 30s Health Diary retrace mon exploration personnelle de la santé et du bien-être à la trentaine. Mon expérience ne remplace pas un avis médical et les examens, recommandations ou prises en charge peuvent différer selon chaque personne. Pour toute question concernant votre santé, un traitement ou les conditions de réalisation d’un examen, adressez-vous à un professionnel de santé.
Commentaires